Государственный фонд патентной документации создан в 1993 г. на базе Республиканского территориального патентного фонда, который до 1993 г. входил в структуру патентного отдела Научно-исследовательского института научно-технической информации Узбекской ССР (УзНИИНТИ) и начал комплектоваться с 1966 г. на основании Постановления Совета Министров УзССР за № 382 от 21 июня 1965 г. «Об улучшении организации патентного дела в УзССР». По объему имеющейся патентной документации и глубине комплектования Республиканский территориальный патентный фонд являлся одним из наиболее крупных патентных фондов в бывшем СССР.

При организации в Узбекистане государственной патентной службы территориальный патентный фонд был выведен из структуры института и передан Патентному ведомству, что позволило создать на базе действующего территориального патентного фонда одновременно с образованием Государственного патентного ведомства Республики Узбекистан.

ГФПД является центральным хранилищем национального фонда отечественной и иностранной патентной документации, литературы по патентно-правовым вопросам и патентно-ассоциируемой литературы. Основным документом, регламентирующим состав, структуру и порядок организации ГФПД, является «Положение о Государственном фонде патентной документации», утвержденное Приказом директора Государственного патентного ведомства Республики Узбекистан №42 от 17.07.2006 г. В новой редакции Положения о ГФПД отражены изменения, произошедшие с фондом за последние годы. С появлением электронных носителей изменилась технология комплектования ГФПД. Международный обмен осуществляется преимущественно посредством оптических дисков, расширяется перечень источников патентной информации, поставляемой зарубежными патентными ведомствами через Интернет. Проводится комплекс работ по реорганизации ГФПД, оптимизации его структуры, сокращению дублирования его отдельных частей фонда, объединению ретроспективных массивов фонда.